Dne 20. 5. 2021 zahájil KÚ JČK územní řízení. Veřejné projednání se uskutečnilo 29. 6. 2021. S ohledem na aktuální judikaturu bylo nutné následně uvědomit rakouské spolky o vedení řízení prostřednictvím MŽP. Každého půlroku probíhá projednání s rakouskou stranou ohledně problematiky napojení D3-S10 na státní hranici (příhraničního úseku). Stavba 0312/II je samostatně provozovatelná až za MÚK D. Dvořiště před státní hranici i bez současné výstavby rakouské silnice S10. Souhlasné závazné stanovisko EIA bylo vydáno společně se stavbou D3 0312/I. V  rámci podmínek byly zbudovány tůně, zídky pro plazy, zimoviště a kladiště společně se stavbou 0312/I (podmínka EIA č. 7). Byla vyhotovena a KÚ JČK odsouhlasena Vodohospodářská studie (podmínka EIA č. 1). Probíhá hydrogeologický monitoring společně se stavbou 0312/I a SSÚD Kaplice (podmínka EIA č. 40-41). Dne 13. 4. 2022 bylo ve věci stavby vydáno územní rozhodnutí, které nabylo dne 9. 6. 2022 právní moci. Čistopis DSP byl odevzdán v červenci 2022. ŘSD požádalo 21. 12. 2022 o vydání všech SP. Dne 17. 3. 2023 zahájilo MD stavební řízení na celkem 22 hlavních stavebních objektů. Žádosti o SP byly rozděleny na dvě části. SP na tyto objekty vydalo MD též 10. 7. 2023. První část neobsahuje tzv. příhraniční úsek dlouhý 384 m, který bude muset být dostavěn až s rakouskou stavbou S10. SP na tuto 2. část (6 stavebních objektů) vydalo MD (ministerstvo dopravy) 10. 7. 2023. Dne 10.8.2023 nabylo právní moci. Dne 28. 2. 2023 bylo zahájeno výběrové řízení na zhotovitele stavby. Jako základní termín pro podání nabídek bylo stanoveno datum 10. 5. 2023. Termín pro podání nabídek nakonec vypršel 27. 7. 2023. Podáno bylo pět nabídek. V 11/2023 vybralo ŘSD zhotovitele stavby. V 01/2024 vybralo ŘSD zhotovitele stavby a uzavřelo smlouvu s vítězným uchazečem. Slavnostní zahájení stavby se uskutečnilo 9. 1. 2024. Na hlavní trase probíhají práce spočívající v odtěžování zářezů a provádění násypů tělesa. Stěžejní práce probíhají na mostních objektech: na mostu přes Trojanský potok založení mostu, na mostu přes MK Dolní Dvořiště jsou realizovány obě opěry a pilíře pro pravý i levý most a na mostu MÚK Dolní Dvořiště jsou realizovány obě opěry a pilíře mostu. Do konce roku 2024 se předpokládá realizace lehčeného násypu v rámci hlavní trasy, dále realizace rámových propustků a nosných částí mostu přes místní komunikaci, vodoteč a biokoridor a též mostu na MÚK Dolní Dvořiště potažmo přeložky komunikace II/163 směrem na Rybník, Vyšší Brod a Rožmberk.

Jihočeský kraj v tomto případě napomohl při majetkoprávním vypořádání stavby, když uzavřel budoucí kupní smlouvu s významným vlastníkem pozemků dotčených stavbou dálnice, který podmiňoval prodej pozemků ve svém vlastnictví, nezbytně nutných pro stavbu „D3 0312/II Nažidla – Dolní Dvořiště, státní hranice“, nabytím pozemků, které jsou předmětem smlouvy uzavřené s Jihočeským krajem, přičemž získá pozemky, které jsou v současné době z větší části zastavěny silnicí II/163 a III/00363 a při realizaci stavby dálnice budou zrekultivovány a silnice II/163 přeložena do nové stopy.